入仕后的少年包拯不再只会验尸断案，他发现自己要对抗的是整个官场的黑暗。
第二季开篇，包拯已通过科举入仕，任开封府八品主簿。他不再只是走访民间、替老百姓破奇案，而是要面对盘根错节的官场斗争。第一案“河神娶亲案”看似是迷信杀人，背后却牵扯到漕运贪腐；第二案“骨笛迷魂”更让他发现恩师庞太师竟是另一起旧案的保护伞。公孙策作为新科榜眼被分配到与包拯对立的御史台，两人从挚友变成朝堂上的对手，却总是在案件交集时暗中联手。展昭长成少年侠客，开始在江湖上为包拯搜集情报。本季加重了政治惊悚成分，每一个案件都指向一个无法撼动的“大人物”，包拯必须在保全自身与追求正义之间反复挣扎。结尾处，皇帝亲自召见他，对他说：“你查的每件案子，最后都会查到我这里。”
推理质量比第一季更高，社会派与本格派结合得恰到好处。政治黑暗的描写令人窒息，少年意气与官场老狐狸的碰撞火花十足。公孙策与包拯的相爱相杀线实在太精彩，期待第三季。
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